# Biologi Molekuler, Epigenetika, Regulasi Gen, dan Bioteknologi

> 32 kartu ulasan tentang transkripsi, pemrosesan RNA, translasi, regulasi gen, dan metode laboratorium molekuler. Mengasumsikan pengetahuan pengantar biologi sel dan genetika.

- **Canonical URL:** https://flashcards.world/flashcards/sets/95c1e4e2-d0d8-41ba-a14f-e972c7d56cba/
- **Markdown URL:** https://flashcards.world/flashcards/sets/95c1e4e2-d0d8-41ba-a14f-e972c7d56cba.md
- **Level:** advanced
- **Languages:** id → id
- **Total Cards:** 32

## Flashcards (32 Cards)

| # | Front (Term / Prompt) | Back (Definition / Answer) | Example | Multiple-Choice Options |
| :--- | :--- | :--- | :--- | :--- |
| 1 | Apa yang mengatalisis pembentukan ikatan peptida dalam ribosom? | Pusat peptidil transferase subunit besar merupakan katalis berbasis RNA: rRNA 23S pada bakteri dan rRNA 28S pada ribosom sitoplasmik manusia membentuk inti katalitiknya. |  |  |
| 2 | Ikatan laso apa yang terbentuk saat penyambungan oleh spliceosome? | Ujung 5′ intron terhubung ke adenosin titik percabangan melalui ikatan fosfodiester 2′–5′, membentuk zat antara bercabang berbentuk laso. |  |  |
| 3 | Apa PAM kanonik SpCas9 yang umum digunakan, dan apa fungsinya? | Motif DNA 5′-NGG-3′, dengan N sebagai basa apa pun, terletak di samping sasaran yang cocok dengan pemandu. Pengenalan PAM membantu SpCas9 mengikat dan memotong DNA; persyaratan PAM berbeda antarprotein Cas dan variannya. |  |  |
| 4 | Bagaimana terminator intrinsik transkripsi bakteri yang khas bekerja? | Struktur jepit rambut RNA kaya GC yang diikuti ruas kaya U mendorong jeda dan mengganggu kestabilan kompleks transkripsi, sehingga RNA dapat dilepas tanpa faktor Rho. |  |  |
| 5 | Apa yang dikenali TBP pada promotor RNA polimerase II yang mengandung TATA? | Kotak TATA, sering sekitar 25–30 pasangan basa di hulu titik awal. TBP merupakan bagian TFIID; tidak semua promotor polimerase II memiliki kotak TATA. |  |  |
| 6 | Mengapa DNA bergerak ke anoda dalam gel agarosa, dan bagaimana fragmen linear dipisahkan? | Tulang punggung fosfatnya bermuatan negatif. Dalam kondisi umum, fragmen DNA linear yang sebanding akan bermigrasi lebih cepat bila lebih kecil; konformasi dan kondisi gel juga memengaruhi migrasi. |  |  |
| 7 | Bagaimana kelimpahan tRNAᵀʳᵖ yang telah membawa triptofan mendorong atenuasi operon trp E. coli? | Ribosom menerjemahkan kodon Trp di daerah pemimpin tanpa terhenti. Hal ini mendukung jepit rambut terminator 3–4, bukan antiterminator 2–3, sehingga transkripsi berakhir lebih awal. |  |  |
| 8 | Mesin apa yang membuang sebagian besar intron pre-mRNA nuklir, dan apa dinukleotida batas yang lazim? | Spliceosome mayor memakai snRNP U1, U2, U4, U5, dan U6. Sebagian besar intron yang diprosesnya dimulai dengan 5′-GU dan berakhir dengan AG-3′; ada pengecualian dan spliceosome minor. |  |  |
| 9 | Mengapa ddNTP menghentikan sintesis DNA dalam sekuensing Sanger? | ddNTP tidak memiliki 3′-OH yang diperlukan untuk menambahkan nukleotida berikutnya. Nukleotida DNA normal memang tidak memiliki 2′-OH, jadi ketiadaan gugus itu bukan penyebab penghentian rantai. |  |  |
| 10 | Apa represor dan penginduksi fisiologis operon lac E. coli? | LacI merupakan represor yang mengikat operator. Alolaktosa, yang dibuat β-galaktosidase dari laktosa, mengikat LacI dan mengurangi pengikatannya pada operator. |  |  |
| 11 | Bagaimana enhancer eukariotik dapat meningkatkan transkripsi dari promotor yang jauh? | Protein aktivator mengikat DNA pengatur cis ini. Pelipatan kromatin dapat mendekatkan protein terkait enhancer ke promotor; kofaktor seperti Mediator membantu pengaturan. Mekanismenya bergantung pada konteks. |  |  |
| 12 | Bagaimana SpCas9 yang diarahkan pemandu menghasilkan patahan DNA untai ganda? | RNA pemandu menempatkan Cas9. Domain HNH memotong untai yang komplementer terhadap pemandu, sedangkan domain RuvC memotong untai lainnya, biasanya sekitar tiga pasangan basa di hulu PAM. |  |  |
| 13 | Komponen RNA polimerase apa yang mengenali elemen promotor −10 dan −35 yang lazim pada E. coli? | Faktor sigma σ⁷⁰, yang membantu holoenzim RNA polimerase bakteri mengenali promotor tersebut. |  |  |
| 14 | Kodon stop standar apa yang memicu pelepasan polipeptida, dan apa yang mengenalinya? | UAA, UAG, dan UGA dikenali oleh faktor pelepas berupa protein di situs A ribosom. Faktor tersebut mendorong hidrolisis ikatan yang menghubungkan polipeptida dengan tRNA-nya. |  |  |
| 15 | Tiga proses apa yang lazim mematangkan pre-mRNA eukariotik berintron? | Penambahan tudung 7-metilguanosin pada 5′, penghilangan intron disertai penyambungan ekson, serta pemotongan 3′ yang diikuti penambahan ekor poli(A). Ini jalur umum, bukan syarat bagi setiap transkrip. |  |  |
| 16 | Bagaimana triptofan mengurangi inisiasi transkripsi operon trp E. coli? | Triptofan bertindak sebagai korepresor: mengikat TrpR sehingga represor dapat mengikat operator dan mengurangi inisiasi transkripsi. |  |  |
| 17 | Penanda protein apa yang dapat mengarahkan protein ke proteasom 26S? | Ubikuitin, yang dilekatkan melalui jalur E1–E2–E3. Rantai poliubikuitin yang sesuai dapat menandai degradasi proteasomal; ubikuitinasi juga memiliki fungsi tanpa degradasi. |  |  |
| 18 | Bagaimana histon asetiltransferase dan deasetilase memengaruhi kromatin? | HAT menambahkan gugus asetil ke lisin, menetralkan muatan positifnya dan sering meningkatkan aksesibilitas. HDAC membuang gugus tersebut dan sering mendukung represi. Tidak satu pun modifikasi menjamin aktivitas gen tertentu. |  |  |
| 19 | Bagaimana metilasi pulau CpG promotor mamalia dapat menekan transkripsi? | Metilasi dapat merekrut represor pengikat metil-CpG dan protein pemodifikasi kromatin, sering mengurangi aksesibilitas promotor dan transkripsi. Pengaruhnya bergantung pada konteks genom dan sel. |  |  |
| 20 | Mengapa Taq polimerase mendukung siklus termal PCR berulang? | Kestabilan terhadap panas memungkinkan aktivitas yang cukup bertahan setelah tahap denaturasi bersuhu tinggi yang singkat dan berulang, sehingga enzim tidak perlu diganti setiap siklus. Namun, inaktivasi termal tetap dapat terjadi. |  |  |
| 21 | Elemen pengikatan ribosom yang umum pada bakteri apa yang membantu menempatkan kodon awal? | Urutan Shine–Dalgarno, sering dinyatakan dengan konsensus AGGAGG, berpasangan dengan ujung 3′ rRNA 16S. Tidak semua mRNA bakteri menggunakan elemen ini. |  |  |
| 22 | Apakah transkripsi balik bertentangan dengan dogma sentral asli Crick? | Tidak. Jalur ekspresi yang lazim ialah DNA → RNA → protein, sedangkan transkriptase balik menyalin RNA menjadi DNA. Dogma Crick meniadakan transfer informasi urutan dari protein kembali ke asam nukleat atau ke urutan protein lain. |  |  |
| 23 | Bagaimana penyambungan alternatif dapat meningkatkan keragaman protein dari satu gen? | Pemilihan lokasi penyambungan dan kombinasi ekson yang berbeda dapat menghasilkan mRNA serta isoform protein berbeda. Tidak setiap produk penyambungan menghasilkan protein yang stabil dan berfungsi. |  |  |
| 24 | Apakah semua enzim restriksi tipe II mengenali urutan palindromik? | Tidak. EcoRI mengenali palindrom 5′-GAATTC-3′, yang terbaca sama dari 5′→3′ pada kedua untai. Enzim tipe IIS termasuk tipe II, mengenali urutan asimetris dan memotong di luarnya. |  |  |
| 25 | Apa tiga tahap siklus PCR berbasis Taq yang khas? | Denaturasi DNA sekitar 94–96°C, penempelan primer sering sekitar 50–65°C, dan pemanjangan sekitar 72°C. Suhu sebenarnya bergantung pada primer, enzim, dan protokol. |  |  |
| 26 | Apa arti degenerasi kode genetik standar? | Kodon berbeda dapat menentukan asam amino yang sama; misalnya enam kodon menentukan leusin. Ini tidak berarti setiap kodon lazimnya menentukan beberapa asam amino. |  |  |
| 27 | Pada jalur miRNA hewan yang kanonik, enzim apa yang memproses pre-miRNA setelah diekspor ke sitoplasma? | Dicer memotong prekursor jepit rambut menjadi dupleks RNA pendek, biasanya sekitar 21–23 nukleotida per untai. Interferensi RNA menggunakan RNA pemandu kecil untuk mengurangi ekspresi gen; tidak semua miRNA mengikuti jalur ini. |  |  |
| 28 | Kapan CAP–cAMP mengaktifkan operon lac E. coli dengan kuat? | Glukosa rendah umumnya menaikkan cAMP, sehingga CAP/CRP–cAMP membantu perekrutan RNA polimerase. Transkripsi kuat juga memerlukan pelepasan represi LacI, biasanya oleh alolaktosa; glukosa rendah saja tidak cukup. |  |  |
| 29 | Apa yang dimungkinkan oleh pasangan basa goyah saat translasi? | Pemasangan fleksibel antara basa ketiga kodon dan basa pertama (5′) antikodon memungkinkan satu tRNA mengenali beberapa kodon sinonim. Inosin dapat berpasangan dengan U, C, atau A pada posisi ini. |  |  |
| 30 | Kompleks apa yang memakai pemandu miRNA atau siRNA untuk membungkam mRNA sasaran? | RISC, kompleks pembungkaman yang diinduksi RNA, mengandung protein Argonaute yang mengikat pemandu. Pembungkaman dapat melibatkan pemotongan RNA, penguraian, atau represi translasi; tidak semua Argonaute memiliki aktivitas pemotongan. |  |  |
| 31 | Apa perbedaan eukromatin dan heterokromatin? | Eukromatin umumnya kurang padat dan lebih mudah diakses; heterokromatin lebih padat dan biasanya represif. Aksesibilitas memungkinkan transkripsi, tetapi tidak berarti setiap gen aktif. |  |  |
| 32 | Apa yang terutama ditranskripsi oleh RNA polimerase nuklir I, II, dan III dalam sel manusia? | I: prekursor rRNA 18S, 5.8S, dan 28S. II: pre-mRNA pengode protein dan banyak snRNA. III: tRNA, rRNA 5S, dan beberapa RNA kecil lainnya. |  |  |

---
Study this deck interactively with FSRS-6 spaced repetition, audio review, and multiple-choice mode at [Flashcards World](https://flashcards.world/flashcards/sets/95c1e4e2-d0d8-41ba-a14f-e972c7d56cba/).